孔庄遗址位于驿城区水屯镇孔庄西南，一条小草河从遗址的南部边缘经过汇入宿鸭湖，南距练江河2公里。遗址南部的水泥路向西通到京珠高速南引线，南有新阳高速，西南是小李庄，东边紧邻孔庄。遗址座落在临河的台阶上，中部有一生产路把遗址一分为二。遗址平面近长方形，整个遗址呈南北向分布，南部较高，北部较平缓，南北长约355米，东西宽近300米，总面积约10.65万平方米。
通过多次对遗址进行文物调查、勘探，可知该遗址文化层深2米左右，地表散落大量的陶片。已发现有灰坑、房基、灶坑等重要遗迹和大量红烧土及陶片。采集标本有陶片和石器，陶片质地有泥质、夹砂、夹蚌及磨光等。陶色有红、黑、灰、棕黄诸色。纹饰多为素面，兼有篮纹、弦纹。可辨器形有白衣红、陶罐、宽扁式鼎足、鸭嘴形鼎足、豆、碗、红陶钵等。生产生活工具有石斧、石镞、石凿、石刀、石锛、陶纺轮、陶弹丸等。装饰品有陶环。从采集到的陶片和遗物看，其内涵有仰韶文化、屈家岭文化、石家河文化及龙山文化的典型器物。由此可知，该地为一处新石器时期仰韶文化、龙山文化的聚落遗址。
2007年，兰州－郑州－长沙成品油管道工程经过该遗址时，对其进行了抢救性发掘。2008年6月16日，该遗址被河南省人民政府公布为第五批河南省文物保护单位。该遗址对研究豫南地区乃至整个淮河流域上游区域内新石器时代早、中、晚期文化的继承关系及发展序列，具有很重要的学术价值。
